Do đặc điểm hình thành, các nhóm vũ trang Khmer Đỏ đều mang tính chất riêng biệt và hoạt động ít nhiều tự chủ trong các khu vực khác nhau. Các đơn vị Khmer Đỏ được chỉ huy bởi các bí thư khu vực, những người đồng thời là cán bộ đảng và chỉ huy quân đội, một số người được cho là có "đặc điểm quân phiệt". Các toán quân của một khu vực thường xuyên được gửi đến một khu vực khác để thi hành chỉnh huấn. Những nỗ lực chỉnh huấn các bí thư khu vực và cán bộ bất đồng chính kiến hoặc yếu kém ý thức hệ của họ đã làm nảy sinh các cuộc thanh trừng nhằm suy yếu hàng ngũ RAK, gây sa sút tinh thần của đội quân chiến thắng và tạo ra hạt giống của cuộc nổi loạn.[9] Bằng cách này, Khmer Đỏ đã sử dụng RAK để duy trì và thúc đẩy chiến dịch bạo lực của mình.

Trong suốt giai đoạn tồn tại, RAK đặt dưới quyền lãnh đạo tối cao của Pol Pot và sau đó là Son Sen. Vào thời kỳ cao điểm, RAK có 230 tiểu đoàn trong 35 đến 40 trung đoàn và trong 12 đến 14 lữ đoàn. Cơ cấu chỉ huy trong các đơn vị dựa trên các ủy ban gồm ba người, trong đó ủy viên chính trị xếp hạng cao hơn chỉ huy quân sự và cấp phó.

Về địa bàn, RAK chia Campuchia được chia thành các quân khu mà ranh giới thay đổi ít nhiều qua các năm.

Mặc dù hình thành lực lượng Không quân và các đơn vị hải quân, nhưng do tác động tiêu cực của các cuộc thanh trừng, dẫn đến việc thiếu hẳn các nhân sự có trình độ cao để vận hành các khí tài kỹ thuật cao. Vì vậy, khi cuộc chiến tranh với Việt Nam nổ ra, các đơn vị không quân và hải quân, trên thực tế phải chiến đấu như các đơn vị bộ binh.